Um Themen im integrierten Editor verwenden zu können, müssen diese in UTF-8 oder ASCII kodierten Sourcecode oder Themendateien enthalten sein. Dateien, die anders kodiert sind (Ansi, UTF-16, UTF-32) werden analysiert und verarbeitet aber Ihr Inhalt kann nicht direkt editiert werden. Wenn ein Projekt geöffnet wird (und bei jedem Updaten des Projektes) verifiziert Doc-O-Matic automatisch die Kodierung der Themendateien und der Snippet-Dateien und bietet die Konvertierung in UTF-8 an. Die Konvertierung ist optional. Wenn ein Thema, das in einer Datei, deren Kodierung inkompatibel ist, enthalten ist, im Editor ausgewählt wird, bietet Doc-O-Matic, die Möglichkeit an die jeweilige Datei mit einem Klick im Editor, zu konvertieren.